Najstarsze zapiski kronikarskie notują powstanie szkoły w Kowalewie około 1790r. na terenie ówczesnego folwarku przy dworcu głównym. Mieściła się ona w nędznej lepiance krytej słomą, miała 2 izby, z których jedna służyła jako mieszkanie nauczyciela, druga za klasę. Była to szkoła katolicka, ale mogły do niej uczęszczać również dzieci innych wyznań z Kowalewa i okolic.
     W 1824r., po naciskach kolonistów niemieckich, miasto zakupiło jednopiętrowy budynek na Rynku i otwarto tam dwie szkoły: ewangelicką i katolicką - przeniesioną z folwarku. 
     Wiosną 1883 r. rozpoczęto budowę nowego gmachu, który oddano do użytku już we wrześniu następnego roku (tzw. stara szkoła). Nowy budynek miał 6 sal lekcyjnych i 2 mieszkania dla nauczycieli. W 1907r. wybuchł w szkole katolickiej strajk. Dzieci na lekcji religii odmówiły odpowiedzi w języku niemieckim. Na uczniów i ich rodziców posypały się kary. Ponieważ dzieci w Kowalewie przybywało,w 1913r. wybudowano nowy budynek przy ul. Św. Mikołaja i tam przeniesiono szkołę ewangelicką.
  Po ustąpieniu Niemców w roku szkolnym 1920/1921 szkoła liczyła 7 klas i 448 uczniów. W następnych latach liczba klas i uczniów nie zmieniała się. Dopiero w latach 1933 - 1934 wzrosła do 643 rozmieszczonych w 12 klasach. Tak było do 5 IX 1939r. - kiedy do Kowalewa wkroczyli Niemcy i budynki szkolne zarekwirowało wojsko. Zajęć nie było . Dopiero od 1942 roku nauka odbywała się w języku niemieckim dla wszystkich dzieci. Młodzieży ani w szkole, ani poza nią nie wolno było rozmawiać po polsku. Zniszczono polskie książki, mapy, obrazy do nauki historii, geografii. Mimo prześladowań wierzono w pomyślniejszą przyszłość.
     Po zakończeniu okupacji niemieckiej, już 14 III 1945r. zorganizowano w budynku tzw. starej szkoły polską szkołę z klasami V - VII. Powstała drużyna harcerska, uruchomiono bibliotekę szkolną. Dopiero w listopadzie 1945r. wojska radzieckie opróżniły i przekazały pomieszczenia tzw. nowej szkoły. Od tej pory nauka odbywała się w dwóch budynkach na 3 zmiany.  W 1961r. było już 21 oddziałów, do których uczęszczało 726 uczniów. Trudne warunki nauczania spowodowały, że w 1960r. powołano Społeczny Komitet Budowy Szkoły, a już 8 I 1962r. rozpoczęła się nauka w nowym gmachu. Było to możliwe dzięki ogromnemu zaangażowaniu rodziców i Grona Pedagogicznego. W szkole urządzono klasy i pracownie, bibliotekę, świetlicę. Działał chór szkolny, drużyny zuchowe i harcerskie, SKS, Spółdzielnia Uczniowska, koła zainteresowań (fotograficzne, dramatyczne, plastyczne, taneczne i inne). Poranki, akademie, konkursy, wycieczki - to codzienność w pracy szkoły.   
     W maju 1982r. ogłoszono plebiscyt na wybór imienia patrona naszej szkoły. Najwięcej punktów zdobyli: M.Konopnicka, T.Kościuszko, J.Korczak. Większością głosów zebranych w klasach IV - VIII zwyciężyła postać Marii Konopnickiej. Po otrzymaniu zgody KOiW w Toruniu na nadanie Zbiorczej Szkole Gminnej w Kowalewie Pomorskim imienia Marii Konopnickiej, Samorząd Uczniowski ogłosił zbiórkę surowców wtórnych na zakup sztandaru. Gromadzono również materiały na temat życia i twórczości poetki. Odbywały się konkursy, przygotowywano program artystyczny oraz ekspozycje i wystawy związane z osobą patronki. Nadanie imienia szkole połączone z wręczeniem sztandaru odbyło się 1 VI 1984. W uroczystości brali udział licznie zaproszeni goście, rodzice, nauczyciele i młodzież.